Mallorca fue desde los inicios de la Guerra Civil española (1936-1939) una importante base aeronaval del bando nacional (franquista). Las excepcionales características del Puerto de Sóller, tanto por su situación como por su orografía y profundidad de sus aguas, lo hacía un emplazamiento perfecto para la construcción de una base naval secundaria para el aprovisionamiento de los barcos de la marina Nacional. Por este motivo en el año 1937 las autoridades decidieron su construcción. Con este fin se expropiaron gran cantidad de propiedades para construir muelles, búnkeres, polvorines, baterías de defensa, campos de entrenamiento, etc. que muchos de ellos son aun visibles. La principal función de la Base fue la de salvaguarda y aprovisionamiento de submarinos y barcos, siendo en los años de la guerra base permanente del submarino General Sanjurjo. Además funcionó como refugio de los submarinos Onice, Iride, Galilei y Ferraris, de hidroaviones italianos, y del acorazado nazi Kanserpfill Admiral Pfeer.
Una vez finalizada la guerra civil, estas instalaciones se reconvirtieron en una Escuela de Armas Submarinas. El oratorio de Santa Catalina, actualmente el Museo del Mar, se convirtió en el cuartel para los alumnos de la escuela naval y para la imprenta de la Base, provocando innumerables reformas a lo que era la antigua iglesia del Puerto de Sóller. A lo largo de la Segunda Guerra Mundial, la Base acogió algunos destructores y submarinos italianos y alemanes, que iban a repostar combustible y provisiones. Uno de los días negros de la historia de la base naval de Sóller, aun está muy vivo en la memoria común del puerto. El 27 de junio de 1946 se produjo una gran catástrofe, cuando el submarino C-4, que se encontraba de maniobras delante de la costa de Sóller, chocó con el destructor Lepanto. El submarino se hundió con toda su tripulación en una gran y profunda grieta submarina, en total perecieron 43 personas. No se pudo salvar a ningún tripulante. Sus restos aún descansan en la profundidad del mar.
En estos últimos años la base naval entró en declive a causa de su ya obsoleto uso, siendo la mayoría de sus instalaciones demolidas o devueltas al Ayuntamiento de Sóller para su uso público. El oratorio se convirtió en el Museo del Mar, el campo de entrenamiento en un espació esportivo de carácter público, los polvorines en un paseo y actualmente se esta gestionando el uso público del Faro de la Cruz y el bosque de su alrededor.
